תנועת חמאס אמנם שולטת ברצועת עזה, אך ישנן מספר קבוצות ג'יהאדיות-סלפיות אשר קוראות תגר על אחיזתה של חמאס ברצועה. בשבועות האחרונים היינו עדים למספר תקריות של שיגור רקטות לעבר יישובים בדרום. כפי הנראה, לא היו אלה אנשי חמאס, אשר מעוניינת בעת הנוכחית לשמור על רגיעה, כי אם פעילים ג'יהאדיים המזוהים אידיאולוגית עם ארגון אל-קאעדה.
בחמאס טוענים, כי קיימת הסכמה עם שאר הפלגים ברצועה לא לשגר רקטות לעבר ישראל במסגרת הרגיעה הקיימת מאז מבצע "עופרת יצוקה" בינואר 2009. אולם, אותן קבוצות סלפיות לא רואות עצמן כחלק מאותה "הודנה" בלתי-רשמית, וממשיכות לשגר רקטות לעבר דרום ישראל כל אימת שהן יכולות.
היחסים בין הצדדים נכנסו למסלול התנגשות באוגוסט 2009, לאחר שכוחות הביטחון של תנועת חמאס ירו למוות במנהיג קבוצת "ג'ונד אנצאר אללה" ("צבא תומכי אללה"), עבד אל-לטיף מוסא, יחד עם 24 מאנשיו, משום שהכריז על הקמה של אמירות אסלאמית בעזה.
אחד מבכירי הקבוצות הסלפיות בעזה, אבו אל-בראא' אל-מצרי, אמר כי מאז שוררת מתיחות שברירית בין הצדדים. לדבריו, מנגנוני הביטחון של חמאס מבצעים מעצרים שרירותיים בקרב פעילים סלפים ברצועה ורודפים אותם ואת משפחותיהם.
דובר מטעם ממשלת החמאס, טאהר אל-נונו, מכחיש האשמות אלו ומדגיש כי הממשלה "מכבדת כל אחד שפועל במסגרת רעיונית מסוימת, כל עוד הוא פועל במסגרת החוק וההבנות הפלסטיניות".
ברצועה פועלות כמה קבוצות ג'יהאדיות-סלפיות, מביניהן: "ג'ונד אנצאר אללה" שהוזכרה לעיל, "ג'יש אל-אסלאם" ("צבא האסלאם"), קבוצת "אל-תוחיד ואל-ג'האד" ("ייחוד [האל] והג'האד"), "ג'יש אל-אומה" ("צבא האומה [האסלאמית]") וקבוצת "אנצאר אל-סונה" ("תומכי הסונה").
ארגונים אלה, אשר פועלים תחת המטרייה של הג'יהאד הגלובלי, מנסים להתאחד תחת ארגון-גג אחד, אולם ויכוחים פנימיים וטענות על הערמת מכשולים מצד חמאס מונעים מהם להתאגד לפי שעה. על-פי הערכות שונות, קבוצות אלו מונות ביחד כמה מאות חברים, כאשר בבתי-הכלא של החמאס עצורים עוד כ-130 מוג'אהדין.
